由于膽汁反流先流經此處，膽汁中的膽鹽成分可使胃黏膜屏障受損，加之食糜在此停留時間較長，局部壓力增大，血液循環相對較差。過去本病少見，隨著內鏡的普及和內鏡醫師的重視，發現本病的發病率并不低。
由于潰瘍發生于胃的末端與十二指腸交界處，且其病理生理與十二指腸潰瘍相似，胃酸一般增多，部分幽門管潰瘍的腹痛類似DU;但數患者的腹痛頑固，進食后緩解 不明顯，即使服用制酸劑亦不如DU顯著;另一部分患者飯后立即出現腹痛，可能因進食即引起胃幽門頻繁蠕動加劇食糜對狹小通道上的潰瘍面直接刺激所致。因此，幽門管潰瘍的腹痛無典型潰瘍的周期性和規律性。同時本病有反復發作傾向，與幽門管平滑肌收縮功能障礙、潰瘍面不易愈合有關。
胃十二指腸粘膜除了經常接觸高濃度胃酸外，還受到胃蛋白酶、微生物、膽鹽、乙醇、藥物和其他有害物質的侵襲。但在正常情況下，胃十二指腸粘膜能夠抵御這些侵襲因素的損害作用，維護粘膜的完整性。這是因為胃十二指腸粘膜具有一系列防御修復和修復機制，包括粘液碳酸氫鹽屏障、粘膜屏障、粘膜血流量、細胞更新、前列腺素和表皮生長因子等。消化性潰瘍的發生是由于對胃十二指腸粘膜有 損害作用的侵襲因素與粘膜自身防御-修復因素之間失去平衡作用的結果。這種平衡可能是由于侵襲因素增強，亦可能是防御-修復因素減弱，或兩者兼有之。GU 和DU在發病機制上有不同之處，前者主要是防御、修復因素減弱，后者主要是侵襲因素增強。消化性潰瘍是由多種病因所致的疾病，即患者之間的病因、發病機制 可能并不相同，只是臨床表現相似而已。
發病機制：
1、幽門螺旋桿菌感染近十多年來的大量研究充分證明，幽門螺旋桿菌(Hp)感染是消化性潰瘍的主要原因。
(1)消化性潰瘍患者中Hp感染率高如能排除檢測前患者服用過抗生素、鉍劑或非甾體抗炎藥(NSAID)等因素，DU患者的Hp感染率為90%-100%，GU為80%-90%。Hp感染者中發生消化性潰瘍的危險性亦顯著增加。前瞻性研究顯示，Hp感染者中大約15%-20%的人可發生消化性潰瘍。
(2) 根據Hp可促進潰瘍愈合和顯著降低潰瘍復發率根除Hp而無抑制胃酸分泌作用的治療分按可有效愈合潰瘍;用常規抑制為散分泌藥物治療療效不理想的所謂難治性 潰瘍，在有效根除Hp治療后，得到痊愈;應用高療效Hp方案治療1周，隨后不再給予抗潰瘍治療，療程結束后4周復查，潰瘍的愈合率高于或等于應用常規抑制 胃酸分泌藥連續治療4-6周的愈合率。這些結果從不同的角度證明了根除Hp可促進潰瘍愈合。
潰瘍頻繁復發曾是消化性潰瘍自然史的主要特點 之一。用常規抑制胃酸分泌藥物治療后愈合的潰瘍，停藥后潰瘍的年復發率為50%-70%。根除Hp可使DU、GU的年復發率降至5%以下，從而使絕大多數 潰瘍患者得到徹底治愈。此外，根除Hp還可顯著降低消化性潰瘍出血等并發癥的發生率。
(3)Hp感染改變了粘膜侵襲因素與防御因素之間的平衡Hp憑借其毒力因子的作用，在胃型粘膜(胃和有胃化生的十二指腸)定植，誘發局部炎癥和免疫反應，損害局部粘膜防御修復機制;另一方面，Hp感染可增加促胃液素和胃酸的分泌，增強了侵襲因素。這兩因子的協同作用造成了胃十二指腸粘膜損害和潰瘍形成。
Hp 的毒力因子包括使Hp能夠在胃型粘膜定植的因子和誘發組織損害的因子兩大類，一些因子兼有兩方面的作用。Hp的定植部位在胃粘膜上皮表面和粘液底層;一般 胃竇Hp數量較多，胃體和胃底較少，亦可棲居于十二指腸胃化生粘膜。Hp在胃內定植，處要抵抗胃酸殺滅作用外，還要依靠其運動穿過粘液層。Hp菌體呈螺旋 形，一端有鞭毛，為其運用提供了動力。Hp產生的尿酶水解尿素成為氨和二氧化碳，氨在Hp周圍形成氨云，中和周圍胃酸，從而保護Hp。Hp特異的粘附以胃 上皮，使其毒素容易作用于上皮細胞。Hp的粘附特異性反映了它存在粘附因子，而胃上皮細胞存在粘附因子的特異性受體。
Hp的毒素、有毒性作用的酶和Hp誘導的粘膜炎癥反應均能造成胃十二指腸粘膜屏障損害。空泡毒素(VacA)蛋白和細胞毒素相關基因(CagA)蛋白是Hp毒力的主要標志。VacA蛋白可使培養的細胞產生空泡;CagA蛋白的確切功能尚不清楚。尿素酶分解尿素產生的氨除了對Hp本身有保護作用外，還能直接和間接造成粘膜屏障損害。Hp的粘液酶降解粘液，促進H+反彌散;Hp脂多糖具有內毒素的特性，可刺激細胞因子的釋放，干擾胃上皮細胞與層粘素的互相作用而使粘膜喪失完整性。Hp的酯酶和磷酯酶A降解脂質和磷脂，破壞細胞膜完整性。Hp產生的一些低分子蛋白可趨化和激活炎癥細胞，后者釋放多種細胞因子和產生有毒性的氧自由基。Hp的某些組分抗原與胃粘膜某些細胞成分相似，即所謂抗原模擬，Hp激發機體產生的抗體，可與宿主胃粘膜細胞成分起交叉反應，導致胃粘膜細胞損傷。
Hp感染可引起高促胃液素血證，其機制包括：①Hp感染引起的炎癥和組織損傷使胃竇粘膜中D細胞數量減少，影響生長抑制素產生，使后者對G細胞釋放促胃液素的抑制作用減弱。②Hp尿素酶水解尿素產生的氨使局部粘膜pH升高，破壞了胃酸對G細胞釋放促胃液素的反饋抑制。
Hp 感染對胃酸影響的報道不盡一致。多數報告顯示，Hp陽性DU患者的基礎、進餐和促胃液素等刺激的胃酸分泌高于Hp陽性健康志愿者的基礎胃酸和刺激的胃酸分 泌亦高于Hp陰性的對照者，但升高的幅度小于Hp陽性的DU患者。Hp感染所致的高促胃液素血癥是引起高胃酸分泌的原因之一。
Hp感染引起消化性潰瘍的機制有多種假說。漏屋頂假說把胃粘膜屏障比喻為屋頂，保護其下方粘膜組織免受胃酸(雨)的損傷。當粘膜首先Hp損害時(形成漏屋頂)就會造成泥漿水(H+反彌散)，導致粘膜損傷和潰瘍形成。這一假說強調了Hp感染所致的防御因素減弱，可解釋Hp相關GU的發生。六因素假說將胃酸-胃蛋白酶、胃化生、十二指腸炎、Hp感染、高促胃液素血癥和 談散氫鹽分泌六個因素綜合起來，解釋Hp在DU發病中作用。胃竇部Hp感染、遺傳因素等引起高胃酸分泌，高酸直接損傷上皮或引起繼發炎癥使十二指腸粘膜發 生胃化生，為Hp在十二指腸粘膜定植創造條件。十二指腸Hp感染加重了局部炎癥(十二指腸)，炎癥又促進胃化生。這一惡性循環使十二指腸粘膜持續處于炎癥 和損傷狀態，局部碳酸氫鹽分泌減少，削弱了十二指腸粘膜的防御因素。而Hp感染所致的高促胃液素血癥刺激胃酸分泌，增強了侵襲因素。侵襲因素的增強和防御 因素的削弱導致潰瘍形成。
2、胃酸和胃蛋白酶消化性潰瘍的最終形成是由于胃酸-胃蛋白酶自身消化所致，這一概念在“Hp時代”仍未改變。胃蛋白酶是主細胞分泌的胃蛋白酶原經鹽酸激活轉變而來，它能降解蛋白質分子，所以對粘膜有侵襲作用。
