首都醫科大學附屬北京友誼醫院始建于1952年，原名為北京蘇聯紅十字醫院，是新中國成立后，由黨和政府建立的第一所大型綜合性醫院。建院初期，毛澤東、周恩來、劉少奇、朱德等老一輩革命家為醫院親筆題詞。毛澤東主席特別題詞“減少人民的疾病，提高人民的健康水平”。1957年3月，蘇聯政府將醫院正式移交我國政府，周恩來總理來院參加了移交儀式。1970年，周總理親自為醫院命名為“北京友誼醫院”。
目前，首都醫科大學附屬北京友誼醫院已發展為集醫療、教學、科研、預防和保健為一體的北京市屬三級甲等綜合醫院，是首都醫科大學第二臨床醫學院。醫院設有西城院區和通州院區，其中西城院區位于首都核心區，通州院區位于城市副中心。
北京友誼醫院建設規模31.07萬平方米，其中西城院區建設規模19.4萬平方米，通州院區一期建設規模11.13萬平方米。醫院現有職工4400人，其中研究生導師150人，高級專業技術人員623人，國家級和北京市級專業委員會主委、副主委及核心期刊主編、副主編84人。目前兩院區共開放床位2300張，年門診量336萬人次，年出院患者9.3萬人次。北京友誼醫院是北京市首批基本醫療保險A類定點醫療機構，可實現住院患者全國異地醫保持卡結算，也是全國最早承擔干部保健及外賓醫療任務的醫院之一。
醫院綜合優勢明顯，專業特色突出，共有臨床醫技科室54個。消化和泌尿系統疾病診治，肝、腎移植，腎內血液凈化，熱帶病和寄生蟲診治以及中西醫結合是醫院的專業特色。2014年10月，醫院獲批成為國家消化系統疾病臨床醫學研究中心，2018年牽頭成立北京市醫院管理中心消化內科學科協同發展中心。
近年來，醫院的醫學科技創新能力顯著提升，學科架構日臻完善，支撐平臺不斷強化，綜合優勢逐漸凸顯。醫院擁有國家臨床重點專科8個，博士點27個，碩士點31個，國家住院醫師規范化培訓專業基地17個，國家專科醫師規范化培訓試點基地4個,“揚帆”重點專業7個，北京市重點實驗室4個，北京市研究所4個，醫學轉化中心1個，還擁有支撐臨床研究發展的國際標準化臨床研究質控平臺、ISO9001認證生物樣本庫和多中心互認醫學倫理平臺與研究型病房。醫院與海外院校長期保持學術交流合作，接待國外專家學者短期交流以及留學生來院參觀見習。自2005年起，北京市李桓英醫學基金會已資助北京市14批次共231名中青年科技人才出國前往世界一流科研院所學習深造。
2012年7月1日，北京友誼醫院作為全國和北京市醫藥衛生改革綜合試點單位，率先實現“兩個分開、三個機制”的改革試點。2016年4月，受北京市政府和平谷區衛計委的委托，北京友誼醫院對平谷區醫院以“區辦市管”為模式進行管理。2019年7月，北京友誼醫院順義院區主體建設項目開工建設。同年12月，通州院區二期工程開工建設。醫院先后于2017年4月8日和2019年6月15日啟動了醫藥分開綜合改革和醫耗聯動綜合改革，堅持“醫療改革與提升醫療技術質量相結合，與改善患者就醫感受相結合”。
多年來，北京友誼醫院黨委堅持以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，帶領全院干部職工在推進醫療改革、改善醫療服務、提升醫療質量、創新驅動發展、落實非首都功能疏解和京津冀協同發展等方面，大膽改革，銳意進取，扎實工作，整體社會評價在全市及全國醫院中名列前茅。在2018年度全國三級公立醫院績效考核中評價等級A+，北京友誼醫院在參評的全國2398家公立醫院中排名第19。在北京市醫療服務能力管理綜合排名和北京市屬三甲醫院績效考核中，北京友誼醫院連續多年位居前三甲，醫院消化內科、普外科在全市重點專科排名中位列第一。醫院曾先后兩次被授予全國先進基層黨組織，曾獲全國“三八”紅旗集體、全國模范職工之家、中國質量獎提名獎、首都勞動獎章等榮譽，多次被授予首都文明單位標兵等光榮稱號。
建院以來，北京友誼醫院得到了黨和國家領導人以及各級黨委政府的關懷。在市委市政府、市衛生健康委和市醫院管理中心的領導下，醫院堅持“全心全意為患者服務”的宗旨，弘揚“仁愛博精”的院訓精神，建立現代醫院管理制度，堅持黨委領導下的院長負責制，努力實現患者信任，職工幸福，醫院發展，黨和政府放心。未來，醫院將以國家消化學科群為戰略學科，整合現有國家臨床重點專科項目、傳統特色學科、有發展潛能的優勢學科，發揮醫院綜合實力，創新驅動發展，努力把醫院建設成為國家級醫學中心，形成職工共同追求的友誼夢，為首都醫藥衛生事業的發展做出新的更大的貢獻。
