吉林大學中日聯誼醫院是國家教育部直屬全國重點綜合性大學——吉林大學所屬的、國家衛生健康委員會屬（管）的集醫療、教學、科研、預防、保健、康復為一體的大型現代化綜合性三級甲等醫院。是吉林省康復醫學會法人單位。曾獲得全國百家改革創新醫院、全國醫藥衛生系統先進集體等榮譽稱號，素來享有吉林省外科醫師搖籃的美譽。連續兩年獲得吉林省醫療機構評價考核第一名，連續三年獲得先進單位稱號。
醫院前身是白求恩醫科大學第三臨床學院。成立于1949年11月，時為中國人民解放軍“長春醫科大學外科學院”。先后經歷了中國人民解放軍第三軍醫大學第三臨床學院、中國人民解放軍第一軍醫大學第三臨床學院、吉林醫科大學第三臨床學院、白求恩醫科大學第三臨床學院時期。1993年7月，醫院主體遷入位于長春市經濟技術開發區的新址。新醫院是由吉林省政府和長春市政府撥地、國家衛健委投資基建、日本政府無償援助價值26億日元先進設備而共同興建的，為紀念中日兩國人民及政府間的友誼，醫院被命名為白求恩醫科大學第三臨床學院（中日聯誼醫院）。2000年6月，吉林大學、白求恩醫科大學等 5所高校合并組建新吉林大學，醫院易名為“吉林大學中日聯誼醫院”。
建院70年來，醫院取得了長足的發展，已形成中心院區（位于仙臺大街126號）、新民院區（位于新民大街829號）、南湖院區（位于南湖新村東街1028號）、北湖院區（位于明斯克路與隆盛街交匯）四位一體的格局，總占地面積37.27萬平方米，建筑面積34.46萬平方米。確立了外科系統、心腦血管疾病診療、微創治療、腫瘤精確放射治療、康復診療和健康管理在吉林省乃至東北地區的優勢地位。
醫院現有現有員工4519人，高級職稱709人，博士生導師55人，碩士生導師244人。擁有雙聘院士2人，“萬人計劃”入選專家1人，“百千萬人才工程”入選專家1人，享受國務院特殊津貼專家15名，擔任中華醫學會副主委1人、常委6人，中國醫師協會副會長3人、專委會副主委6人、常委12人，中華護理學會副主委1人，省醫學會主委15人，省醫師協會主委21人，省護理學會主委7人。
醫院現有床位2950張，設有53個臨床、醫技科室。裝備有雙源CT、PET/CT、Skyra3.0T核磁、骨科手術機器人、速鋒刀（EDGE）、Artis-Zeego機器人式平板血管造影系統、全數字化電子直線加速器、三維數字化C形臂X光機、實時三維心臟超聲影像系統、全自動生化免疫流水線、流式細胞儀等先進診療設備千余臺（套）。年服務門診病人184.82萬人次；出院病人13.22萬人次；手術7.72萬例。
醫院是國家衛健委冠心病介入診療培訓基地、心律失常介入診療（導管消融和植入器械）培訓基地、外周血管介入診療培訓基地、臨床藥師培訓基地，國家級消化內鏡培訓中心、國家級皮膚醫療美容示范基地、全國健康管理示范基地、國家舒適化醫療培訓基地、全國靜脈血栓栓塞癥防治示范基地。通過全國首批房顫中心、心衰中心、國家高級卒中中心認證，被國家衛健委確定為第一批腫瘤（消化系統）多學科診療試點醫院。成為全國第一家甲狀腺外科專科醫師培訓基地，中國首批神經外科專科醫師培訓基地，首批普外科專科住院醫師規培基地，吉林省唯一一家國家級神經內鏡醫師培訓基地，東三省唯一一家全國康復護理專科護士培訓基地。
醫院被國家衛健委、聯合國兒童基金會、世界衛生組織評定為“愛嬰醫院”，是國家衛健委國際緊急救援中心網絡醫院，國家藥物臨床試驗研究機構，是吉林省國家緊急救援培訓鑒定中心、緊急救援定點醫院。此外，吉林省和吉林大學的一些醫療、科研機構設置于此，如吉林省外科研究所、吉林省創傷骨科研究所、吉林省心血管病研究所、吉林省乳腺疾病研究所、吉林省生殖醫學研究所、吉林省介入放射學研究所；吉林省腎臟移植與血液凈化研究中心、吉林省醫學影像工程技術研究中心；吉林省創傷骨科治療中心、吉林省人工關節治療中心、吉林省前列腺疾病防治中心；吉林省骨科醫療質量控制中心、吉林省風濕科醫療質量控制中心、吉林省消化內科醫療質量控制中心、吉林省醫學影像科醫療質量控制中心、吉林省麻醉科醫療質量控制中心、吉林省臨床輸血科醫療質量控制中心；吉林省甲狀腺疾病多學科診療中心、吉林省泌尿疾病多學科診療中心；吉林大學前列腺疾病防治研究中心、吉林大學手外科疾病診療中心、吉林大學角膜移植中心、吉林大學乳腺甲狀腺外科疾病診療中心、吉林大學肝膽胰外科疾病診療中心等。
醫院神經病學是國家重點學科單位；骨科學、耳鼻咽喉-頭頸外科學是國家衛健委重點建設學科；手外科、泌尿外科、醫學影像科、風濕免疫科是國家臨床重點專科；內科學、外科學、眼科學、兒科學、婦產科學、腫瘤學、急診醫學、臨床檢驗診斷學是吉林省教育廳普通高等學校重點學科；骨科、消化內科、內分泌科、普通外科、康復醫學科、泌尿外科是吉林省衛健委重點專科。醫院中心研究室是國家中醫藥管理局分子生物學三級科研實驗室。醫院檢驗科是國家衛健委臨床檢驗中心的臨床基因擴增檢驗實驗室。吉林省臨床分子生物學重點實驗室、吉林省風濕免疫重點實驗室、吉林省心血管病重點實驗室、吉林省心血管疾病基因診斷重點實驗室、吉林省消化系病重點實驗室、吉林省創傷骨科重點實驗室、吉林省人工關節外科重點實驗室、吉林省骨關節退行性疾病重點實驗室、吉林省外科轉化醫學重點實驗室、吉林省泌尿系腫瘤重點實驗室、吉林省整形外科重點實驗室、吉林省耳鼻咽喉頭頸外科重點實驗室、吉林省醫學影像重點實驗室、吉林省老年退行性疾病多尺度重點實驗室、吉林省上氣道過敏性疾病重點實驗室、吉林省淋巴外科重點實驗室設在醫院，普外科為吉林省衛健委普外科重點實驗室單元。醫院主辦的《中國實驗診斷學》雜志是中國科技核心期刊。
醫院同時作為臨床教學醫院——吉林大學臨床醫學院第三學院，設有20個學系，承擔著臨床醫學專業本科生、留學生教學任務。醫院擁有博士學位授權點8個，碩士學位授權點21個，臨床醫學博士后科研流動站1個。醫院重視學科建設及人才培養，堅持人有專長、科有特色、院有優勢的發展方略，努力培養醫德高尚、醫術精湛的醫學專家。醫院積極與國際醫學前沿接軌，加強對外交流與合作,并與國內外知名醫學院校建立了友好合作關系。
