1、先天性生理缺陷
患有某些先天性疾病，如腸狹窄，腸梗阻，直腸或肛門狹窄等疾病的嬰兒出現便秘跟患病有密切的聯系。
2、嬰兒飲食調理不當
嬰兒偏食挑食等不良習慣，兒童膳食纖維攝取不足，糞便容積小，對腸壁刺激不夠，最容易導致便秘發生。此外，飲食中蛋白質含量過高，腸發酵菌相對減少影響發酵，導致大便干燥，嬰兒排便次數減少;嬰兒飲食量不足，腸道內殘渣減少，腹肌腸肌張力不足，也會引起嬰兒便秘。
3、生活太規律，腸道功能失常
家長沒有培養嬰兒養成規律的生活習慣，沒有制定按時給寶寶排便的計劃，寶寶沒有形成排便的條件反射，還會有意識的抑制便意，時間長了，腸道排便反射敏感度降低，導致大便積聚在腸道內，水分被吸干，大便變得干燥，結果引起便秘。
4、精神刺激導致嬰兒便秘
嬰兒如果從自己十分熟悉適應的環境突然轉換到陌生的環境，由于一時無法適應，也會出現便秘現象。
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