1、?膠囊內鏡價格昂貴

膠囊內鏡是一次性用品，沒有傳播各種病原體的可能。但同時也意味著價格不菲，就目前來講，國內進行膠囊內鏡的價格，大約在5000～10000元。

2、?膠囊內鏡存在風險

膠囊內鏡的運動完全是被動的，當消化道內有結構異常，比如大的潰瘍、或者腸壁向外突出形成憩室時，膠囊內鏡很可能會卡在潰瘍或憩室當中出不來，這時候，就要依靠其他手段比如傳統(tǒng)內鏡甚至手術來取出膠囊內鏡。 另外還有一些病人是不合適做膠囊內鏡的：例如結腸癌導致腸腔狹窄、克羅恩病合并回盲部狹窄的病人，膠囊內鏡有卡在病變狹窄部位無法通過的風險。

3、?膠囊內鏡檢查不受人為控制

膠囊內鏡在消化道內的運動是被動的，比如在食管內，隨著吞咽膠囊內鏡在幾秒內就會通過食管，到達胃里，所以它對食管的觀察是非常不可靠的。在胃里也是可能會產生大量的盲區(qū)，膠囊內鏡只能觀察到胃里20%～30%的區(qū)域。 目前膠囊內鏡在檢查過程中但總體來說漏檢率還是比較高，無法完全滿足臨床應用的要求。因此膠囊內鏡目前尚不能替代傳統(tǒng)胃腸鏡檢查.

4、?膠囊內鏡的未來

作為一項無痛苦、易操作的檢查手段，膠囊內鏡一直在不斷的發(fā)展，隨著它的一些缺點也可以通過技術的發(fā)展一項項被克服。我們有理由相信，在今后，會出現(xiàn)能夠控制運行方向、并且能夠取活檢的膠囊內鏡，可以替代胃腸鏡檢查。

5、膠囊內鏡無法取活檢

胃腸鏡檢查發(fā)現(xiàn)病變時，檢查者通過活檢鉗，取病變的組織來進行病理學檢查，確定病變的性質，目前膠囊內鏡沒有辦法做到這一點。